NCTC 3000 strains: A-C
| NCTC Number | CurrentName | Whole genome sequence | Annotated genome |
| 10116 | Acholeplasma laidlawii | ERS1295523 | |
| 8582 | Achromobacter denitrificans | ERS1054578 | ERS1054578 |
| 13520 | Achromobacter insolitus | ERS1295512 | |
| 10309 | Achromobacter metalcaligenes | ERS1353909 | |
| 13519 | Achromobacter spanios | ERS1031241 | ERS1031241 |
| 10807 | Achromobacter xylosoxidans subsp.xylosoxidans | ERS451415 | ERS451415 |
| 10808 | Achromobacter xylosoxidans subsp. xylosoxidans | ERS1054575 | ERS1054575 |
| 12156 | Acinetobacter baumannii | ERS617389 | ERS617389 |
| 13301 | Acinetobacter baumannii | ERS617390 | ERS617390 |
| 13305 | Acinetobacter baumannii | ERS617391 | ERS617391 |
| 13420 | Acinetobacter baumannii | ERS617392 | ERS617392 |
| 13421 | Acinetobacter baumannii | ERS617393 | ERS617393 |
| 13422 | Acinetobacter baumannii | ERS617394 | ERS617394 |
| 13424 | Acinetobacter baumannii | ERS617395 | ERS617395 |
| 7364 | Acinetobacter calcoaceticus | ERS686705 | ERS686705 |
| 10308 | Acinetobacter johnsonii | ERS1123929 | |
| 10307 | Acinetobacter junii | ERS1123928 | |
| 5866 | Acinetobacter lwoffii | ERS1068200 | ERS1068200 |
| 8529 | Actinobacillus equuli | ERS1049098 | ERS1049098 |
| 4189 | Actinobacillus lignieresii | ERS1295687 | |
| 10568 | Actinobacillus lignieresii | ERS569359 | ERS569359 |
| 11383 | Actinobacillus pleuropneumoniae | ERS950469 | |
| 11384 | Actinobacillus pleuropneumoniae | ERS950470 | ERS950470 |
| 11407 | Actinobacillus pleuropneumoniae | ERS950471 | ERS950471 |
| 10801 | Actinobacillus rossii | ERS1123930 | |
| 10851 | Actinobacillus seminis | ERS1247842 | |
| 10221 | Actinobacillus ureae | ERS647578 | |
| 11535 | Actinomyces bovis | ERS1275652 | |
| 11490 | Actinomyces denticolens | ERS1497482 | |
| 12972 | Actinomyces israelii | ERS1275661 | |
| 11923 | Actinomyces slackii | ERS1324106 | |
| 8251 | Aerococcus viridans | ERS1211136 | |
| 8049 | Aeromonas hydrophila | ERS1247814 | |
| 5906 | Aggregatibacter aphrophilus | ERS1106934 | |
| 11096 | Aggregatibacter aphrophilus | ERS639456 | ERS639456 |
| 10557 | Aggregatibacter paraphrophilus | ERS1353910 | |
| 11607 | Aggregatibacter sp. | ERS639458 | ERS639458 |
| 11970 | Alcaligenes piechaudii | ERS1273881 | |
| 11536 | Anaerobiospirillum succiniciproducens | ERS1273875 | |
| 11806 | Anaerococcus prevotii | ERS1497487 | |
| 8452 | Arcanobacterium haemolyticum | ERS1201863 | |
| 11188 | Avibacterium gallinarum | ERS1247843 | |
| 3438 | Avibacterium volantium | ERS569353 | ERS569353 |
| 2599 | Bacillus cereus | ERS980037 | ERS980037 |
| 2610 | Bacillus circulans | ERS1201845 | |
| 10335 | Bacillus firmus | ERS1247816 | |
| 4823 | Bacillus freudenreichii | ERS1106923 | ERS1106923 |
| 4824 | Bacillus lentus | ERS1211700 | |
| 8721 | Bacillus licheniformis | ERS544012 | ERS544012 |
| 6005 | Bacillus megaterium | ERS1068185 | ERS1068185 |
| 10342 | Bacillus megaterium | ERS1247819 | |
| 10337 | Bacillus pumilus | ERS1247817 | |
| 10338 | Bacillus sphaericus | ERS1247818 | |
| 11152 | Bacteroides distasonis | ERS1324154 | |
| 11155 | Bacteroides eggerthii | ERS1234131 | |
| 11153 | Bacteroides ovatus | ERS1295516 | |
| 11154 | Bacteroides vulgatus | ERS1273874 | |
| 12860 | Bartonella grahamii | ERS1497500 | |
| 12899 | Bartonella quintana | ERS970065 | ERS970065 |
| 10295 | Bergeriella denitrificans | ERS1066627 | ERS1066627 |
| 11660 | Bergeyella zoohelcum | ERS1273876 | |
| 11814 | Bifidobacterium adolescentis | ERS1273877 | |
| 13001 | Bifidobacterium bifidum | ERS1234127 | |
| 11815 | Bifidobacterium breve | ERS1247831 | |
| 11816 | Bifidobacterium dentium | ERS1247832 | |
| 11818 | Bifidobacterium longum | ERS1324136 | |
| 11817 | Bifidobacterium longum subsp. infantis | ERS1497488 | |
| 11035 | Blautia coccoides | ERS1497478 | |
| 11829 | Blautia producta | ERS1497490 | |
| 12033 | Bordetella avium | ERS1295518 | |
| 452 | Bordetella bronchiseptica | ERS1509360 | |
| 8762 | Bordetella bronchiseptica | ERS1080583 | |
| 10543 | Bordetella bronchiseptica | ERS1080586 | ERS1080586 |
| 13200 | Bordetella hinzii | ERS1211755 | |
| 10520 | Bordetella parapertussis | ERS1092519 | |
| 10522 | Bordetella parapertussis | ERS1080584 | |
| 10524 | Bordetella parapertussis | ERS1080585 | |
| 10853 | Bordetella parapertussis | ERS1080588 | |
| 10902 | Bordetella pertussis | ERS1110717 | |
| 10905 | Bordetella pertussis | ERS1110718 | ERS1110718 |
| 10907 | Bordetella pertussis | ERS630946 | ERS630946 |
| 10908 | Bordetella pertussis | ERS1110719 | ERS1110719 |
| 10910 | Bordetella pertussis | ERS1110720 | |
| 10911 | Bordetella pertussis | ERS1092522 | ERS1092522 |
| 13251 | Bordetella pertussis | ERS630947 | ERS630947 |
| 13666 | Bordetella pertussis | ERS1123935 | |
| 13667 | Bordetella pertussis | ERS950477 | ERS950477 |
| 13668 | Bordetella pertussis | ERS980033 | ERS980033 |
| 13046 | Brachyspira pilosicola | ERS630949 | ERS630949 |
| 12874 | Brachyspira pilosicoli | ERS630948 | ERS630948 |
| 2611 | Brevibacillus brevis | ERS1178935 | |
| 8545 | Brevundimonas diminuta | ERS1211134 | |
| 9239 | Brevundimonas vancanneytii | ERS605483 | |
| 10900 | Brevundimonas vesicularis | ERS1117687 | |
| 12282 | Budvicia aquatica | ERS462988 | ERS462988 |
| 13008 | Burkholderia cenocepacia | ERS1110716 | |
| 13010 | Burkholderia cenocepacia | ERS1031238 | ERS1031238 |
| 13387 | Burkholderia oklahomensis | ERS1324108 | |
| 13388 | Burkholderia oklahomensis | ERS1031240 | ERS1031240 |
| 12119 | Buttiauxella agrestis | ERS1324121 | |
| 11366 | Campylobacter coli | ERS956172 | ERS956172 |
| 11437 | Campylobacter coli | ERS617387 | ERS617387 |
| 12143 | Campylobacter coli | ERS647563 | ERS647563 |
| 12570 | Campylobacter coli | ERS617388 | ERS617388 |
| 10842 | Campylobacter fetus subsp. fetus | ERS1234128 | |
| 12543 | Campylobacter jejuni | ERS1058920 | ERS1058920 |
| 12850 | Campylobacter jejuni | ERS1037096 | |
| 11925 | Campylobacter jejuni subsp. doylei | ERS743105 | ERS743105 |
| 11951 | Campylobacter jejuni subsp. doylei | ERS1273882 | |
| 11168 | Campylobacter jejuni subsp. jejuni | ERS980039 | ERS980039 |
| 11351 | Campylobacter jejuni subsp. jejuni | SAMEA2479571 | ERS445056 |
| 11352 | Campylobacter lari | ERS950468 | ERS950468 |
| 11541 | Campylobacter upsaliensis | ERS1201848 | |
| 12243 | Capnocytophaga cynodegmi | ERS1497497 | |
| 12947 | Capnocytophaga haemolytica | ERS1497503 | |
| 11653 | Capnocytophaga sputigena | ERS1234137 | |
| 10426 | Cardiobacterium hominis | ERS1324134 | |
| 13294 | Cardiobacterium valvarum | ERS1324158 | |
| 13772 | Carnobacterium divergens | ERS1211595 | |
| 13724 | Cedecea davisae | ERS1110729 | ERS1110729 |
| 11466 | Cedecea lapagei | ERS670330 | ERS670330 |
| 12120 | Cedecea neteri | ERS462978 | ERS462978 |
| 8684 | Chromobacterium violaceum | ERS636083 | ERS636083 |
| 9695 | Chromobacterium violaceum | ERS636084 | ERS636084 |
| 9757 | Chromobacterium violaceum | ERS950463 | ERS950463 |
| 13530 | Chryseobacterium bernardetii | ERS1353915 | |
| 13525 | Chryseobacterium carnis | ERS1353914 | |
| 11432 | Chryseobacterium gleum | ERS950473 | ERS950473 |
| 10796 | Chryseobacterium indologenes | ERS950466 | ERS950466 |
| 13532 | Chryseobacterium indoltheticum | ERS605481 | ERS605481 |
| 13533 | Chryseobacterium shigense | ERS605482 | ERS605482 |
| 13490 | Chryseobacterium taklimakanense | ERS1324126 | |
| 10805 | Citrobacter amalonaticus | ERS485850 | ERS485850 |
| 13630 | Citrobacter Braakii | ERS538537 | ERS538537 |
| 13790 | Citrobacter braakii | ERS1275673 | |
| 6267 | Citrobacter freundii | ERS513131 | ERS513131 |
| 9750 | Citrobacter freundii | ERS485849 | ERS485849 |
| 13639 | Citrobacter freundii | ERS538539 | ERS538539 |
| 9094 | Citrobacter gillenii | ERS1201850 | |
| 10768 | Citrobacter koseri | ERS530413 | ERS530413 |
| 10786 | Citrobacter koseri | ERS513143 | ERS513143 |
| 10810 | Citrobacter koseri | ERS513144 | ERS513144 |
| 10849 | Citrobacter koseri | ERS473430 | ERS473430 |
| 11074 | Citrobacter koseri | ERS743104 | ERS743104 |
| 11075 | Citrobacter koseri | ERS647576 | ERS647576 |
| 11076 | Citrobacter koseri | ERS647577 | ERS647577 |
| 11077 | Citrobacter koseri | ERS530417 | ERS530417 |
| 13708 | Citrobacter youngae | ERS1022037 | ERS1022037 |
| 13307 | Clostridium difficile | SAMEA2479565 | ERS445050 |
| 13746 | Clostridium difficile | ERS1092507 | ERS1092507 |
| 13747 | Clostridium difficile | ERS1092508 | ERS1092508 |
| 13748 | Clostridium difficile | ERS1092510 | ERS1092510 |
| 13749 | Clostridium difficile | ERS1092511 | ERS1092511 |
| 13750 | Clostridium difficile | ERS1092512 | |
| 11832 | Clostridium hastiforme | ERS1345969 | |
| 503 | Clostridium histolyticum | ERS1106920 | ERS1106920 |
| 11811 | Clostridium indolis | ERS1275653 | |
| 2544 | Clostridium perfringens | ERS1106921 | ERS1106921 |
| 2837 | Clostridium perfringens | ERS1211593 | |
| 3182 | Clostridium perfringens | ERS1201843 | |
| 8081 | Clostridium perfringens | ERS1211131 | |
| 8238 | Clostridium perfringens | ERS1201861 | |
| 8239 | Clostridium perfringens | ERS1234123 | |
| 8246 | Clostridium perfringens | ERS1211130 | |
| 8247 | Clostridium perfringens | ERS1211754 | |
| 8359 | Clostridium perfringens | ERS1324132 | |
| 8503 | Clostridium perfringens | ERS1066614 | ERS1066614 |
| 8678 | Clostridium perfringens | ERS1054593 | ERS1054593 |
| 8679 | Clostridium perfringens | ERS1295510 | |
| 8797 | Clostridium perfringens | ERS1054595 | ERS1054595 |
| 8799 | Clostridium perfringens | ERS1110712 | ERS1110712 |
| 9851 | Clostridium perfringens | ERS1234124 | |
| 10239 | Clostridium perfringens | ERS1234125 | |
| 10240 | Clostridium perfringens | ERS1234126 | |
| 10578 | Clostridium perfringens | ERS1295685 | |
| 10612 | Clostridium perfringens | ERS1188811 | |
| 10613 | Clostridium perfringens | ERS1295511 | |
| 10614 | Clostridium perfringens | ERS1295753 | |
| 13170 | Clostridium perfringens | ERS1054597 | ERS1054597 |
| 507 | Clostridium sphenoides | ERS1497472 | |
| 11838 | Collinsella aerofaciens | ERS1275666 | |
| 1937 | Comamonas terrigena | ERS1457012 | |
| 10698 | Comamonas testosteroni | ERS1353911 | |
| 10604 | Corynebacterium cervicis | ERS1201840 | |
| 10606 | Corynebacterium cervicis | ERS1201841 | |
| 10838 | Corynebacterium diphtheriae | ERS1188817 | |
| 11397 | Corynebacterium diphtheriae | ERS451417 | ERS451417 |
| 11913 | Corynebacterium jeikeium | ERS1188813 | |
| 11914 | Corynebacterium jeikeium | ERS1188819 | |
| 11917 | Corynebacterium jeikeium | ERS1188820 | |
| 1386 | Corynebacterium kutscheri | ERS1199539 | |
| 10284 | Corynebacterium minutissimum | ERS1110713 | |
| 10288 | Corynebacterium minutissimum | ERS1201842 | |
| 4656 | Corynebacterium pseudotuberculosis | ERS1080576 | ERS1080576 |
| 4681 | Corynebacterium pseudotuberculosis | ERS1080578 | ERS1080578 |
| 7448 | Corynebacterium renale | ERS1201846 | |
| 11140 | Corynebacterium renale | ERS1080581 | ERS1080581 |
| 11142 | Corynebacterium renale | ERS1080582 | ERS1080582 |
| 7908 | Corynebacterium ulcerans | ERS1080580 | ERS1080580 |
| 8639 | Corynebacterium ulcerans | ERS1188816 | |
| 8660 | Corynebacterium ulcerans | ERS1106924 | |
| 8666 | Corynebacterium ulcerans | ERS1110711 | |
| 11861 | Corynebacterium xerosis | ERS1275650 | |
| 11467 | Cronobacter sakazakii | ERS462977 | ERS462977 |
| 9529 | Cronobacter universalis | ERS701897 | ERS701897 |
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